在《绿灯侠：恐惧本源》中，核心冲突围绕着绿灯军团与恐惧实体“视差怪”之间的对抗展开。视差怪是恐惧的化身，它腐蚀了绿灯侠阿宾·苏的戒指，引发了能量失衡。开场时，哈尔·乔丹发现自己的意志力被削弱，面对视差怪释放的恐惧波动，他必须重新掌控情感光谱。这一冲突通过激烈的能量对决展现，绿灯戒指的光芒与视差怪的黄色能量形成鲜明对比，象征着意志与恐惧的永恒斗争。

另一个精彩冲突是绿灯侠内部的分裂。当恐惧渗透进绿灯军团后，一些成员开始怀疑自己的使命。例如，盖·加德纳在战斗中一度被恐惧吞噬，险些背叛同伴。哈尔·乔丹通过建立情感联系和信任，唤醒了盖的勇气。这种内部矛盾加剧了故事的张力，让读者看到即使在最黑暗的时刻，团结与意志力能克服个人恐惧。同时，视差怪利用这些弱点制造幻象，导致绿灯侠们在现实与幻觉中挣扎。

最终冲突发生在宇宙核心，哈尔·乔丹与视差怪进行最终对决。这里不仅依赖实体战斗，更是心理层面的博弈。哈尔通过回忆父亲牺牲的勇气，点燃了意志之光，抵抗恐惧的蔓延。他利用能量戒指创造构造物，如太阳和盾牌，对抗视差怪的触手攻击。这场战斗展现了绿灯侠的成长，从恐惧的奴隶到恐惧的征服者。结尾处，哈尔的牺牲精神暂时驱散了恐惧，为后续故事埋下伏笔，也让读者理解了恐惧本源的本质是内心不灭的勇气。