《新假面骑士Spirits》的剧情反转主要体现在角色身份的层层递进上。初代假面骑士的回归并非简单重现，而是通过引入多个平行时空的骑士设定，让观众发现英雄们并非绝对的正义化身。例如，剧中一位看似盟友的角色突然揭露自己曾是反派组织成员，这种身份倒置打破了传统英雄叙事，引发对忠诚与背叛的深思。

另一个关键反转集中在“Spirits”系统的真相上。系统看似是强化骑士力量的工具，但后期剧情揭示它实际上是一种控制意识的装置，企图重塑骑士们的记忆和意志。这种设定不仅挑战了主角的自我认知，还让观众重新审视科技与道德的关系，使得二元对立的情节转向复杂的心理博弈。

最终决战中的反转尤为震撼：反派组织首领竟是被封印的古代骑士灵魂，其目的并非毁灭世界，而是想纠正人类错误行为。这一揭露模糊了善恶界限，迫使主角在正义与同情之间做出艰难选择。剧情以开放式结局收尾，暗示骑士精神的核心在于不断质疑和成长，而非单方面击败敌人。